プログラムのバージョンをVer1.0.1にアップさせたのですが、「バージョン情報」を確認したところ、「ご利用中のデータバージョン」が「1.0.0」でした。このまま使い続けて問題はないのでしょうか？

何ら問題はございません。

プログラムバージョンとデータバージョンは一致しない場合もあります。