［年末調整−源泉徴収票合計表］を印刷しました。

印刷物上部の『給与所得の源泉徴収票等合計表』の「支払金額」欄と、印刷物下部の『給与所得等支給状況内訳書』の「支給総額」の「合計」欄は同額になる筈だと思うのですが、金額が異なっているのは何故でしょうか？

ご質問の金額差は、［年末調整−明細入力（個人別）］の「通勤費精算額」により生じています。

『給与所得の源泉徴収票合計表』の「支払金額」は、課税支給額の合計から「通勤費精算額」分を差し引いた後の金額（画面に表示されている通りの金額）を集計しています。

これに対し『給与所得等支給状況内訳書』の「支給総額」の「合計」欄は、［年末調整−明細入力（個人別）］で「明細」ボタンを押すと開く「年末調整明細入力」画面の「課税支給額」を集計していますので、課税支給額の合計から「通勤費精算額」が差し引かれる前の金額になります。