「初期設定−明細項目設定」で支給項目を追加で作成したのですが、「支給控除一覧表」を印刷すると、その項目が「支給額合計」よりも下に印字されてしまいました。

支給控除一覧表など各種一覧表において、項目は「明細項目設定」の順番通りに並びます。

追加で作成した項目は一番最後の項目になりますので、以下の操作で適宜の位置に移動させてください。