住宅借入金等特別控除の適用を受ける場合は源泉徴収票に居住開始年月日を記入する必要がありますが、システム上はどこで設定すればよいのでしょうか？

居住開始年月日は、「初期設定−社員情報設定」の「年末調整」タブで登録してください。