現在はＫＰＣ給与計算２（３）を使用しています。キーパー給与はいつから使い始めればよいのでしょうか？
９月の給与を確定してからなど、セットアップするタイミングがあるのでしょうか？

セットアップのタイミングは特にございません。いつからでもご利用になれますが、本年（平成２２年）の年末調整対応はキーパー給与１０で行いますので、なるべくお早目にお載せ換えください。