キーパー財務を起動すると「ＡｉＯキーステーションは同時に２本以上挿入しないで下さい。」というメッセージが出ますが、キーパー給与用のＵＳＢメモリ（ＡｉＯキーステーション）とキーパー財務用のＵＳＢメモリ（ＡｉＯキーステーション）を同時に挿入してはいけないのでしょうか？

そのメッセージは「財務用のＡｉＯキーステーションを同時に２本以上挿入しないで下さい。」という意味で出ています。
従って、給与用のＡｉＯキーステーションと財務用のＡｉＯキーステーションを同時に挿入することに何ら問題はありません。