新しいメールｄｅ給与はいつから使用開始すればよいですか？
９月の給与を確定してからなど、セットアップするタイミングがあるのでしょうか？

セットアップのタイミングは特にございません。いつからでもご利用になれますが、本年（平成２２年）の年末調整対応はメールｄｅ給与１０で行いますので、なるべくお早目にお載せ換えください。