一括保存ツールを使ってバックアップすると、保存処理を実行するパソコンの中のデータまで保存されてしまいます。

当事務所の場合、プログラムはスタンドアロンで使用していますが、全データを1台のパソコンの中で管理しており、手元のパソコンのデータは全て一時的に使用したコピーデータなのでバックアップの必要がありません。

共有データだけを保存対象にすることはできないのでしょうか?

一括保存するドライブを設定することで可能です。

初期設定は「ローカルデータ」(保存を実行するPC)のみ一括保存する設定(チェックあり)となっていますので、「ローカルデータ」のチェックを外して、「共有ドライブを含める」にチェックを入れることで共有データのみ保存対象となります。
「一括保存・復元」ツール最新版は「キーパークラブ会員様専用ページ」からダウンロード出来ます。

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◎ローカル用一括保存・復元ツールの入手方法
『キーパー財務』を起動して適宜データを選択し、メニュー画面まで進みます。 
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ブラウザが起動して「キーパークラブ会員専用ページ」が開きます。
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「ツールのダウンロード」ページが開きます。「キーパー財務データ一括保存・復元」をクリックします。

※その後の手順はダウンロードページでご確認下さい。