今までは部門を設定していませんでした。会計期間の途中ですが、これからでも部門を設定することはできますか？
「コード変更」の「部門管理を行う」を実行すれば、会計期間の途中であったとしても部門を設定することができます。

※以下の作業はバックアップデータを確保した上で行うようにしてください。
   
① 【初期設定】－【コード変更】を選択します。
  ② 「部門管理を行う」にチェックして「次へ」をクリックします。
  ③ 「部門管理を行う」にチェックし、リストから「損益に設定」又は「全科目に設定」を選びます。

ここでは主となる部門をひとつだけ登録します。（「00：共通部門は自動で作成されます。」）

主となる部門の「コード」と「部門名」を設定し、入力済みの仕訳と過年度残高の取り扱いを選択して「完了」をクリックします。

（処理が終わるとメニューに戻ります。）
  ④ 【初期設定】－【基本設定】を選択します。
  ⑤ 「部門」タブを開き、「Ｆ２：追加」をクリックして、２つ目以降の部門を設定してください。